L’enseignement de morale non confessionnelle a pour finalité « une formation morale fondée sur la liberté de conscience et n’est soumis à aucune référence philosophique particulière ».
Au premier cycle (S1 à S3), cet enseignement se fait en Langue 1 à raison de deux périodes par semaine. Les élèves sont conduits à réfléchir sur leur développement personnel (passage au secondaire et à l’adolescence) et à leurs rapports avec les autres au sein des groupes famille, école, cité (leurs droits, leurs devoirs, l’autorité, etc.).
A partir de la S4 et jusqu’en S7, l’enseignement se fait en Langue 2 et à raison d’une période par semaine.
Au cycle intermédiaire (S4-S5), la réflexion s’élargit aux problèmes sociétaux comme les différences de culture et de religion, les questions de communication et d’inclusion/exclusion, de la tolérance et de ses limites. Elle s’approfondit également sur la liberté individuelle et les responsabilités qui en découlent.
En dernier cycle (S6-S7), les programmes se concentrent sur la démocratie, ses valeurs fondatrices (citoyennetés nationale et européenne, justice, solidarité …) et les dangers qui la menacent (extrémismes, affaiblissement des institutions, terrorisme, etc.).
Tout au long de cet enseignement, l’apprentissage de l’esprit critique, de l’argumentation et du débat sont développés à l’école même et à travers de manifestations et concours européens variés.
Les notes de morale ne sont pas des notes de promotion et il n’y a pas d’épreuve de morale au Baccalauréat européen.