Die Sekundarstufe I und II der Europäischen Schule Straßburg umfasst insgesamt sieben Schuljahre.
Die Vorteile einer Schullaufbahn an einer Europäischen Schule sind folgende: ein breites Fächerangebot, qualitativ hochwertiger Sprachenunterricht, die interkulturelle Begegnung von Schülerinnen und Schülern aus zahlreichen europäischen Ländern sowie ein anspruchsvolles Unterrichtsprogramm in den Naturwissenschaften.
Die Sekundarschule der Europäischen Schule Straßburg nimmt Kinder ab der 6. Klasse auf und besteht aus drei Sprachabteilungen: einer deutsch-, einer englisch- und einer französischsprachigen Sektion. Für Schüler/-innen mit Lernschwierigkeiten werden, den europäischen Programmen entsprechend, zusätzlich Unterstützungkurse angeboten.
Jahre 1 bis 3
Im ersten Sekundarschuljahr (S1) erlernen die Schüler/-innen eine zweite Fremdsprache (Sprache 3) und erhalten Unterricht im Fach Integrierte Wissenschaften (4-stündig). Die Fächer Bildende Kunst (2-stündig), Musik (2-stündig), und Informatik (1-stündig) sind obligatorisch.
Das Unterrichtsangebot in der S2 entspricht dem der S1, allerdings besteht die Möglichkeit, zusätzlich noch Latein zu wählen (2-stündig).
Vom dritten Sekundarschuljahr(S 3)an werden die Fächer Geschichte, Geografie und Moral in der ersten Fremdsprache (Sprache 2) erteilt. Schüler, die kein Latein belegen, dürfen ihren Stundenplan ergänzen, indem sie IKT wählen. Die Wahlfächer Latein und IKT können nicht zusammen gewählt werden.
Jahre 4 und 5
In der vierten und fünften Sekundarschulklasse (S4 / S5) besteht in Mathematik die Wahl zwischen einem Grundkurs (4-stündig) oder einem Intensivkurs (6-stündig). Die drei naturwissenschaftlichen Fächer Biologie, Chemie und Physik sind obligatorisch. Als Wahlfächer werden Latein, Sprache 4, Wirtschaft, Bildende Kunst, Musik und Informatik angeboten. Vom fünften Sekundarschuljahr an werden die Schüler/-innen auf die Arbeitswelt vorbereitet und absolvieren ein Pflichtpraktikum in einem Unternehmen oder einer öffentlichen Einrichtung.
Jahre 6 und 7
Vor Eintritt in die sechste Sekundarschulklasse wählen die Schüler/-innen aus einer breiten Fächerpalette und bestimmen so die fachliche Ausrichtung ihrer Schullaufbahn bis zum Abitur mit. Im Laufe des sechsten und siebten Sekundarschuljahres werden die Schüler/-innen auf das Europäische Abitur vorbereitet, das aus fünf schriftlichen und drei mündlichen Prüfungen besteht. Für die Berechnung der Abiturnote spielen jedoch auch die im Unterricht erbrachten Leistungen eine große Rolle.